04.12.2020, 09:35
Accepted manuscript
Viral cultures for COVID-19 infectious potential assessment – a systematic review
T Jefferson, E A Spencer, J Brassey, C Heneghan
Clinical Infectious Diseases, ciaa1764, https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1764
Published:
03 December 2020
Abstract
Objective
to review the evidence from studies relating SARS-CoV-2 culture with the results of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and other variables which may influence the interpretation of the test, such as time from symptom onset
Methods
We searched LitCovid, medRxiv, Google Scholar and the WHO Covid-19 database for Covid-19 to 10 September 2020. We included studies attempting to culture or observe SARS-CoV-2 in specimens with RT-PCR positivity. Studies were dual extracted and the data summarised narratively by specimen type. Where necessary we contacted corresponding authors of included papers for additional information. We assessed quality using a modified QUADAS 2 risk of bias tool.
Results
We included 29 studies reporting attempts at culturing, or observing tissue infection by, SARS-CoV-2 in sputum, nasopharyngeal or oropharyngeal, urine, stool, blood and environmental specimens. The quality of the studies was moderate with lack of standardised reporting. The data suggest a relationship between the time from onset of symptom to the timing of the specimen test, cycle threshold (Ct) and symptom severity. Twelve studies reported that Ct values were significantly lower and log copies higher in specimens producing live virus culture. Two studies reported the odds of live virus culture reduced by approximately 33% for every one unit increase in Ct. Six of eight studies reported detectable RNA for longer than 14 days but infectious potential declined after day 8 even among cases with ongoing high viral loads. Four studies reported viral culture from stool specimens.
Conclusion
Complete live viruses are necessary for transmission, not the fragments identified by PCR. Prospective routine testing of reference and culture specimens and their relationship to symptoms, signs and patient co-factors should be used to define the reliability of PCR for assessing infectious potential. Those with high cycle threshold are unlikely to have infectious potential.
Covid-19, mode of transmission, viral culture, symptom onset to test date, polymerase chain reaction, SARS-CoV-2, infectious potential
This content is only available as a PDF.
© The Author(s) 2020. Published by Oxford University Press for the Infectious Diseases Society of America. All rights reserved. For permissions, e-mail: journals.permissions@oup.com.
This article is published and distributed under the terms of the Oxford University Press, Standard Journals Publication Model (https://academic.oup.com/journals/pages/...tion_model)
[*]Supplementary data
Supplementary data
ciaa1764_suppl_Supplementary_Materials - docx file
https://academic.oup.com/cid/advance-art...64/6018217
Teilübersetzung:
Ergebnisse
Wir schlossen 29 Studien ein, in denen über Versuche berichtet wurde, Gewebeinfektionen durch SARS-CoV-2 in Sputum-, Nasen- oder Oropharyngeal-, Urin-, Stuhl-, Blut- und Umweltproben zu kultivieren oder zu beobachten. Die Qualität der Studien war mäßig, wobei es keine standardisierte Berichterstattung gab. Die Daten deuten auf eine Beziehung zwischen der Zeit vom Auftreten der Symptome bis zum Zeitpunkt der Probenentnahme, der Zyklusschwelle (Ct) und dem Schweregrad der Symptome hin. Zwölf Studien berichteten, dass die Ct-Werte bei Proben, die lebende Viruskultur produzierten, signifikant niedriger und die Logkopien höher waren. In zwei Studien wurde berichtet, dass die Wahrscheinlichkeit einer Abnahme der Kultur lebender Viren um etwa 33% für jede Einheit Anstieg der Ct-Werte um eine Einheit abnahm. Sechs von acht Studien berichteten über nachweisbare RNA für länger als 14 Tage, aber das Infektionspotenzial nahm nach Tag 8 ab, selbst bei Fällen mit anhaltend hoher Viruslast. Vier Studien berichteten über Viruskulturen aus Stuhlproben.
Schlussfolgerung
Für die Übertragung sind vollständige lebende Viren erforderlich, nicht die durch PCR identifizierten Fragmente. Prospektive Routineuntersuchungen von Referenz- und Kulturproben und ihre Beziehung zu Symptomen, Anzeichen und Patienten-Kofaktoren sollten verwendet werden, um die Zuverlässigkeit der PCR zur Beurteilung des Infektionspotenzials zu definieren. Bei Personen mit hoher Zyklusschwelle ist es unwahrscheinlich, dass sie ein infektiöses Potenzial haben.
Übersetzt mit http://www.DeepL.com/Translator (kostenlose Version)
Viral cultures for COVID-19 infectious potential assessment – a systematic review
T Jefferson, E A Spencer, J Brassey, C Heneghan
Clinical Infectious Diseases, ciaa1764, https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1764
Published:
03 December 2020
Abstract
Objective
to review the evidence from studies relating SARS-CoV-2 culture with the results of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and other variables which may influence the interpretation of the test, such as time from symptom onset
Methods
We searched LitCovid, medRxiv, Google Scholar and the WHO Covid-19 database for Covid-19 to 10 September 2020. We included studies attempting to culture or observe SARS-CoV-2 in specimens with RT-PCR positivity. Studies were dual extracted and the data summarised narratively by specimen type. Where necessary we contacted corresponding authors of included papers for additional information. We assessed quality using a modified QUADAS 2 risk of bias tool.
Results
We included 29 studies reporting attempts at culturing, or observing tissue infection by, SARS-CoV-2 in sputum, nasopharyngeal or oropharyngeal, urine, stool, blood and environmental specimens. The quality of the studies was moderate with lack of standardised reporting. The data suggest a relationship between the time from onset of symptom to the timing of the specimen test, cycle threshold (Ct) and symptom severity. Twelve studies reported that Ct values were significantly lower and log copies higher in specimens producing live virus culture. Two studies reported the odds of live virus culture reduced by approximately 33% for every one unit increase in Ct. Six of eight studies reported detectable RNA for longer than 14 days but infectious potential declined after day 8 even among cases with ongoing high viral loads. Four studies reported viral culture from stool specimens.
Conclusion
Complete live viruses are necessary for transmission, not the fragments identified by PCR. Prospective routine testing of reference and culture specimens and their relationship to symptoms, signs and patient co-factors should be used to define the reliability of PCR for assessing infectious potential. Those with high cycle threshold are unlikely to have infectious potential.
Covid-19, mode of transmission, viral culture, symptom onset to test date, polymerase chain reaction, SARS-CoV-2, infectious potential
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[*]Supplementary data
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https://academic.oup.com/cid/advance-art...64/6018217
Teilübersetzung:
Ergebnisse
Wir schlossen 29 Studien ein, in denen über Versuche berichtet wurde, Gewebeinfektionen durch SARS-CoV-2 in Sputum-, Nasen- oder Oropharyngeal-, Urin-, Stuhl-, Blut- und Umweltproben zu kultivieren oder zu beobachten. Die Qualität der Studien war mäßig, wobei es keine standardisierte Berichterstattung gab. Die Daten deuten auf eine Beziehung zwischen der Zeit vom Auftreten der Symptome bis zum Zeitpunkt der Probenentnahme, der Zyklusschwelle (Ct) und dem Schweregrad der Symptome hin. Zwölf Studien berichteten, dass die Ct-Werte bei Proben, die lebende Viruskultur produzierten, signifikant niedriger und die Logkopien höher waren. In zwei Studien wurde berichtet, dass die Wahrscheinlichkeit einer Abnahme der Kultur lebender Viren um etwa 33% für jede Einheit Anstieg der Ct-Werte um eine Einheit abnahm. Sechs von acht Studien berichteten über nachweisbare RNA für länger als 14 Tage, aber das Infektionspotenzial nahm nach Tag 8 ab, selbst bei Fällen mit anhaltend hoher Viruslast. Vier Studien berichteten über Viruskulturen aus Stuhlproben.
Schlussfolgerung
Für die Übertragung sind vollständige lebende Viren erforderlich, nicht die durch PCR identifizierten Fragmente. Prospektive Routineuntersuchungen von Referenz- und Kulturproben und ihre Beziehung zu Symptomen, Anzeichen und Patienten-Kofaktoren sollten verwendet werden, um die Zuverlässigkeit der PCR zur Beurteilung des Infektionspotenzials zu definieren. Bei Personen mit hoher Zyklusschwelle ist es unwahrscheinlich, dass sie ein infektiöses Potenzial haben.
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